Trường Đại học y khoa Phạm Ngọc Thạch đã trải qua 2 giai đoạn:[6]

Trung tâm Đào tạo và Bồi dưỡng cán bộ y tế thành phố Hồ Chí Minh

Giai đoạn 1989 - 2004

• Giám đốc: VS.TS.BS Dương Quang Trung
• Phó giám đốc: PGS.BS Nguyễn Văn Truyền
• Phó giám đốc: BS Tăng Văn Thi
• Phó giám đốc: BS Nguyễn Quốc Bình
• Phó giám đốc: ThS.BS Nguyễn Thế Dũng

Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch

Giai đoạn 2004 - 2008

• Giám đốc: PGS.BS Nguyễn Thế Hiệp
• Phó giám đốc: ThS.BS Nguyễn Thế Dũng

Giai đoạn 2008 - 2012

• Hiệu trưởng: GS.TS.BS Nguyễn Tấn Bỉnh
• Phó Hiệu trưởng: ThS. BS Nguyễn Thế Dũng
• Phó Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Phạm Đăng Diệu

Giai đoạn 12/2015 - 9/2016

• Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Nguyễn Thị Ngọc Dung
• Phó Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Phạm Đăng Diệu
• Phó Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Ngô Minh Xuân
• Phó Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Nguyễn Thanh Hiệp

Giai đoạn 9/2016 - 9/2020

• Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Ngô Minh Xuân
• Phó Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Phạm Đăng Diệu
• Phó Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Nguyễn Thanh Hiệp

Giai đoạn 10/2020 - 03/2021

• Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Ngô Minh Xuân
• Phó Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Nguyễn Thanh Hiệp
• Phó Hiệu trưởng: TS.BS Phan Nguyễn Thanh Vân

Giai đoạn 03/2021 - nay

• Hiệu trưởng: PGS.TS.BS Nguyễn Thanh Hiệp
• Phó Hiệu trưởng: TS.BS Phan Nguyễn Thanh Vân